Nông nghiệp hoặc canh tác quy mô nhỏ, hộ gia đình và ‘đánh bắt thủ công’ đặc trưng bởi quy mô nhỏ và công nghệ thấp, đã là nền tảng của nền kinh tế chủ yếu là nông thôn của khu vực trong nhiều thế kỷ. Điều đó hiện đang thay đổi. Theo chính sách, các nước hạ lưu sông Mê Kông đang chuyển sang nền nông nghiệp công nghiệp hóa với trọng tâm là các loại cây trồng thương mại để xuất khẩu. Mặc dù vậy, dân số vẫn chủ yếu là nông thôn và sản lượng lúa và cá của các hộ nông dân nhỏ tiếp tục đóng góp đáng kể vào nền kinh tế địa phương, chưa kể đến an ninh lương thực của hộ gia đình và cộng đồng.
Cây trồng chính
Gạo chiếm ưu thế trong sản xuất, ở cả cấp độ thương mại và hộ gia đình. Các nước hạ lưu sông Mê Kông đã sản xuất hơn 109 triệu tấn lúa vào năm 2017, Trong đó Việt Nam, Thái Lan và Myanmar là những nước sản xuất lớn thứ 5, 6 và 7 trên thế giới. Trong khi một tỷ lệ lớn gạo này được đưa vào thương mại địa phương và vẫn nằm trong các quốc gia, khu vực này cũng là nước xuất khẩu gạo đáng kể ra thế giới. Thái Lan và Việt Nam xuất khẩu gạo lớn thứ 2 và 3, và Campuchia là nước xuất khẩu lớn thứ 8.
Các loại cây trồng xuất khẩu quan trọng khác bao gồm ngô (bắp), đường, đậu nành, sắn, cà phê và cao su thiên nhiên. Thái Lan là nước sản xuất cao su thiên nhiên lớn nhất thế giới vào năm 2017, với 4,4 triệu tấn, chiếm 33 phần trăm sản lượng toàn cầu. Trong những năm gần đây, cao su đã mở rộng đáng kể ở cả Lào và Campuchia, với khoản đầu tư lớn của các công ty Việt Nam vào miền Nam Lào và Campuchia, và đầu tư của Trung Quốc vào miền Bắc Lào và Myanmar. Sau Thái Lan và Indonesia, Việt Nam là nước sản xuất lớn thứ ba thế giới. Tuy nhiên, giá cao su trên thị trường đã giảm hơn một nửa so với mức cao 3,50 đô la một kg vào năm 2010 và điều này đã tác động lớn đến thu nhập.
Trong khi xuất khẩu cà phê từ quốc gia sản xuất cà phê số một thế giới là Brazil đã giảm trong những năm gần đây, xuất khẩu cà phê của Việt Nam đã tăng hơn 9 phần trăm từ năm 2011 đến năm 2015. Việt Nam chỉ đứng sau Brazil về xuất khẩu cà phê; đây cũng là một sản phẩm quan trọng ở Lào, nơi cà phê là mặt hàng xuất khẩu lớn thứ năm, mặc dù quy mô nhỏ hơn nhiều so với Việt Nam